דרכי עבודתה של המועצה

המועצה קבעה כללים שונים, העוסקים במגוון נושאים הנוגעים לעבודתה, כך למשל:
 כללים למתן היתר לפתוח מוסד להשכלה גבוהה ולקיימו;
 כללים להכרה במוסדות להשכלה גבוהה;
 כללים להכרה בתארים אקדמיים;
 כללים להסמכת מוסד מוכר להעניק תואר אקדמי מוכר;
 כללים לביטול הכרה במוסד מוכר.

מוסד המבקש לקיים לימודים אקדמים ולהעניק תואר אקדמי (בין אם הוא מוסד מוכר או שטרם קיבל הכרה) מעביר בקשתו למזכירות המועצה. המזכירות מקיימת מספר בדיקות פרילימינריות, לרבות בדיקת
התאגיד שמפעיל את המוסד (במקרה שהבקשה היא לפתיחת מוסד להשכלה גבוהה), והכל בהתאם לחוק המועצה להשכלה גבוהה ולהנחיות המועצה להשכלה גבוהה.
הבקשה אף מועברת לבדיקות של אגף התכנון והמידע ואגף התקציבים.
אגפים אלה בודקים את היבטי התכנון והתקצוב של הבקשה, הכוללים בדיקת החוסן הכלכלי של המוסד, ובדיקה של ההשפעות הכלכליות שבהוספה של תכניות לימודים על חוסנו הכלכלי של המוסד. לגבי
מוסדות מתוקצבים ע"י ות"ת מתבצעת גם בדיקה תכנונית של הצורך בהקמת המוסד / התכנית בראייה לאומית רחבה.
עם סיום הבדיקות מועברת הבקשה לדיון בועדה לתכנון ולתקצוב. זו דנה בבקשה ומעבירה חוות דעתה למליאת המועצה להשכלה גבוהה. רק אם מוצאת המועצה את הבקשה ראויה - היא מאשרת אותה.
לעיתים ממנה המועצה ועדות מומחים בתחומים רלוונטים, העורכות בדיקות אקדמיות של הבקשה בהתאם לקריטריונים שנקבעו בכללי המועצה להשכלה גבוהה ובהחלטות עקרוניות שלה. המלצות ועדות המומחים מוגשות למועצה להשכלה גבוהה, בצירוף חות דעת של ות"ת, ובהסתמך על זאת מחליטה המועצה בנושא.