האגף האקדמי (מזכירות המועצה)
1. ארגון ישיבות המועצה להשכלה גבוהה וות"ת (כולל קביעת סדר יום, נסוח ניירות עמדה ותזכירים
המוגשים לדיונים).
2. עריכת החלטות המועצה ומעקב אחר ביצוען.
3. ארגון, ריכוז והפעלה של וועדות המשנה הקבועות של המועצה.
4. גיבוש הרכבים של וועדות משנה של המועצה לנושאים ספציפיים ולנושאים עקרוניים ריכוזן והפעלתן.
5. הפעלת מנגנון להמרת תוכנית אקדמית בהנדסה מ- B. Tech ל- B.Sc. .
6. טיפול במוסדות חדשים בשלבי האקדמיזציה ובלווים וכן טיפול בתוכניות חדשות במוסדות מוכרים.
7. הקמת מנגנון להערכת איכות במוסדות להשכלה גבוהה והפעלתו.
8. בדיקת בקשות שלוחות מחו"ל, רישוי שלוחות של מוסדות מחו"ל ופיקוח עליהן.
9. טיפול בחוק המל"ג ובהצעות חוק אחרות הקשורות בהשכלה גבוהה.
10. מענה לפניות הציבור, עדכון פרסומים של המוסדות ושל ספרות מקצועית מהארץ ומחו"ל בכל הקשור במערכת להשכלה גבוהה בישראל.
11. קיום הקשר הקבוע עם גופי ההכרה בעולם בכלל ובאירופה בפרט וייצוג המועצה באונסק"ו Cepes
ובאונסק"ו ישראל.